壳聚糖酶在工业上可用于壳寡聚糖（Chitooligosaccharides，简称COSs）的制备，由于COSs较好的水溶性，更利于人体吸收，因而COSs在食品工业中上可作为添加剂；COSs在医药、诊断试剂等方面有着非常诱人的前景，特别是聚合度在5、6的COSs更是具有较强的抗感染、抑制肿瘤的活性；COSs具有抗菌作用，能对植物病原菌产生拮抗作用，诱导植物产生抗菌物质。但是利用化学合成方法生产COSs（尤其是具有较强生理活性的壳五糖和六糖）非常困难，产率低、生产成本较高且易污染环境，而使用专一性的壳聚糖酶通过降解生产COSs却有着高效、环保等有点，因此利用壳聚糖酶生产COSs已经成为目前研究应用的热点。
壳聚糖酶是一种RP蛋白，可以提高植物的抗病能力。同时利用壳聚糖酶降解一些真菌细胞壁，用以鉴定细胞壁的精细结构，可以更有效的防治病原菌，提高农作物产量。因此壳聚糖酶可以作为农业应用中的生物控制剂。