乙酰胆碱酯酶是存在于人类神经肌肉接头中的一种酶, 是神经退行性疾病、青光眼等疾病的重要调控靶点。该工作首先大规模分析了美国FDA上市药物及靶点数据库，通过靶点结合口袋三维相似性的比较、药物二维结构相似性的比较、及静电势的相似性比较等结构生物信息学手段，预测了一种用于治疗肾癌的上市药物帕唑帕尼可以靶向结合乙酰胆碱酯酶。通过化学生物学、疾病模式动物实验等手段进一步证实，1/5临床安全剂量的帕唑帕尼（15mg/kg/每天）即可以有效的逆转神经退行性疾病的症状，其效果与已上市的神经系统保护药物Donepezil相当，且人体安全性良好。该项工作为相关的创新药物研发提供了崭新的角度与思路。
该工作得到了自然科学基金委和辽宁省政府的资助，历时约2年完成。该项研究成果已经申请专利《嘧啶胺类化合物在制备乙酰胆碱酯酶抑制剂中的应用》，目前已有多家国内外制药公司联系技术转让。
杨永亮实验室致力于药物发现、生物信息学、化学生物学等领域的综合交叉研究，注重将计算策略与相关实验手段相结合进行重要生物靶标及其活性调控分子的发现与探索。近期，利用设计的亲电性碎片‘垂钓’化合物数据库的虚拟筛选策略，实验室成功的发现了一个马来酰亚胺类小分子NS-0011可以通过共价结合的方式靶向作用于细胞核输出蛋白XPO1结合口袋区的半胱氨酸基团，从而成为小分子共价抑制剂。XPO1蛋白是恶性肿瘤增殖与迁移的关键靶标，目前，通过与厦门大学医学院张杰教授等单位合作，在疾病模式动物上证实了该化合物可以显著的降低胃癌的增生和成瘤，该工作于2015年1月21日已在线发表于Clinical Cancer Research杂志上，化合物NS-0011目前正进行成药性的探索，杨永亮博士为文章的合作通讯作者。以上工作也是该实验室于2013年在J Comput Chem.杂志以封面故事的形式发表研究论文后的一些后继科研成果。
Chemical Science(Chem. Sci.)杂志是英国皇家化学会最新创办的化学领域的旗舰期刊，在创刊之后的短短3年内，该杂志已经加入JACS 和ACIE行列，成为所有化学相关领域中最具影响力的核心期刊之一，并为Nature Index(NI)收录。
