液相色谱－串联质谱分析已经成为蛋白质组研究中应用最广泛的技术策略。但是，不同的实验室由于采用不同的仪器、不同的搜索引擎和不同的数据库，对同一样品的分析往往得到不同的结果。
为探讨这一问题，北京蛋白质组研究中心的钱小红研究员、贺福初院士课题组与国际蛋白质组学领域26家重要实验室，共同参与国际人类蛋白质组组织（HUPO）发起的针对以生物质谱为基础的蛋白质组学研究共性技术问题的系统分析，通过比较不同实验室对20种标准蛋白样本的鉴定结果，发现即使采用高度纯化的蛋白质作为样本，大部分实验室还是不能提供完全正确的鉴定结果。通过对原始数据的进一步分析表明，产生上述问题的关键在于所用数据库与搜索引擎的区别。随着数据库和搜索引擎的改进，蛋白质组分析结果的可靠性会大大提高。相关工作新近发表于《自然－方法》。
北京蛋白质组研究中心/蛋白质组学国家重点实验室在"国际人类肝脏蛋白质计划"和"中国人类肝脏蛋白质组计划"的实施过程中，已逐步建立一系列进入国际领先行列的蛋白质组学技术平台；提出和发展的一系列技术策略和数据标准逐渐被国际同行所采用；产出的高质量、大规模蛋白质组数据引起国际同行高度关注与广泛应用。此次在上述全球27家著名实验室比对测试中，该中心实验室是首批结果完全正确的六家实验室之一，位列"六甲"，其技术水平和研究实力再次得到国际公认。
另值一提的是，该中心在《自然－细胞生物学》（Nature Cell Biology）发表的两篇论文最近分别被国际重要刊物引用，且获高度评价。其中关于Apak选择性调控p53活性的工作今年5月份刚发表即被国际顶级刊物《细胞》（Cell）关于p53发现30周年的纪念性综述引用；去年8月份发表的关于CKIP-1调控Smurf1活性的工作被国际顶级综述类刊物《自然综述－分子细胞生物学》（Nature Review Molecular Cell Biology）引用。
