各种对于生物燃料的意见让人们眼花缭乱，让人们成为生物燃料的盲目崇拜者。只要具备基本的生物燃料知识，人们就会明白，在现阶段企图将经济发展和环境保护的重任全部转嫁到生物燃料身上简直是荒言谬语。
但是也不必要对生物燃料完全丧失信心，据了解，在实验阶段的第二代生物燃料前景良好，科学家们在第二代生物燃料生产过程中添加了一种微生物，为了解决生物燃料与粮食之争，科学家们想出了用纤维素制乙醇的方法，纤维素可以从非粮植物中提取，农业垃圾和城市垃圾成为纤维素的主要来源，除了价格低廉，回收垃圾还具有一定的环境效益。但是，纤维素的分解是转化成乙醇过程中最难攻克的步骤。
在微观世界里，酶和微生物承担着分解纤维素的工作，生物燃料研究人员创新地将自然界的循环法则运用到工业加工中去，将微生物转化为工业催化剂，并大大提高它们的分解能力。
在将普通微生物进化成超级分解虫的过程中，科学家需要减少自然分解的步骤，并提高分解效率。达特茅斯学院生物工程教授林德指出，使用生物催化剂催化纤维素的效率大约高达96%，在实际的规模生产过程中或许达不到如此理想，并且生产过程中也需要使用一定的能源，但是总的来说转化率还是相当高的。生物催化剂的高效率是经过自然选择后留给人们的，在自然环境中，那些天然的微生物已经为环境做出巨大贡献。
对于第二代乙醇燃料，美国能源部给予很大支持，单听能源部对第二代生物乙醇的评价就像在给它做广告，“第二代生物燃料值得我们花大力气研究、发展，因为它应用农业废料以及一些非粮食能源作物为原料，不会对世界粮食构成威胁。”据了解，美国能源部仅去年一年对纤维素乙醇燃料的投资高达10 亿美元。
能源部的投资对生物燃料生产者带来很多好处，它们有更充分的空间进行研发，生物燃料公司希望在2010 年将成本降至1 美元/加仑以下。在生物催化剂效率上，开发人员也竭尽所能，Coskata 的催化剂效率已经达到可以从每吨干纤维素原料中提炼出100 加仑乙醇。纤维素乙醇燃料总共可以减少84%的二氧化碳排放。
生物燃料若想成为具有竞争力的能源，生物催化剂是不可或缺的一个步骤。目前最大的挑战是让实验阶段的纤维素乙醇尽快过渡到产业阶段。历史上有许许多多的第一次，对于生物燃料来说，第二代生物燃料是一次飞跃和升腾，也是继续发展重要的一步。
