酶的稳定性是酶应用中的一个问题，对于饲料加工过程中温度和挤压对酶活性的影响，目前已经提出几种方法:冷压制粒、载体吸附法、浸泡或湿拌料法、微囊包被技术、制粒后喷洒等，以提高酶活性和热稳定性。
微生物的生产属于微生物发酵的范畴。而应用属于畜牧业的范畴，由于专业间的差异，给酶制剂的管理造成一定困难。目前我国对饲用酶制剂没有一个统一的标准，酶活定义由企业自定，有的企业采用了或参考原轻工部的标准，采用这一标准综合酶活一般在一万左右。有的企业修改了这一标准，采用了更低的计量单位，同样产品的酶活标量可以高出十几倍甚至几十倍。因此给酶制剂的质量评定、饲喂应用带来一定的困难，同时也不利于生产工艺的进一步优化和产品质量的提高。
研究开发对饲料抗营养因子和饲料毒素有效的酶制剂。
