生物酶催化降解污染物通过以下两种效应完成：
（1）接近定向效应—酶催化反应与酶的浓度成正比，酶具有使反应物集中的作用，即酶可以将反应物集中到分子周围，产生有效碰撞机会增多；
（2）形变效应—酶分子可以使反应物分子中化学键拉长、扭曲和变形，使他们更容易被水解。与其他微生物处理相比，生物酶处理法具有催化效能高、反应条件温和、对废水质量及设备情况要求较低，反应速度快，对温度、浓度和有毒物质适应范围广，可以重复使用等优点。
将生物酶催化技术应用于污染物的去除，是采用不同于普通微生物菌的系列生物酶结合技术，通过酶打开不同污染物质中的化学键，将其迅速降解为小分子，从大分子有机物降解为低分子有机物或CO2、H2O等无机物，降低COD值，从而达到去除污染物的目的，大大降低污水处理费用。生物酶催化技术与产品为具有脱色除臭，去除COD，脱氮除磷等多功能的环境友好型产品，能强烈地分解杂环类、苯环类等污染物，分解蛋白质和复杂多糖，对水溶性有机物分解也有重要的作用。生物酶通过催化降解作用将废水中大量如侧链脂、石油醚、丙酮、甲醇、乙醇、二氯甲烷、甲苯有毒有机物的复杂结构打开，使之开环断键，形成小分子物质，不仅能去除部分污染物，而且可以提高制药废水的可生化性。
在制药废水处理工艺中，投加专性生物酶，通过特殊生物酶的催化作用，增加废水的可生化性，出水可达到相应的排放标准，并且在运行过程中，降低了运行成本和工作强度，减少了对环境的污染。
